微生物基因组测序

微生物基因组重测序（有参）

目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术，对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序，精准分析其与参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息。

微生物基因组从头测序（无参）

对于不断分离培养微生物的客户来说，要确定一个菌株是否是新菌株或者新菌种，较快捷的办法就是，直接进行基因组测序。利用高通量测序技术，对这些基因组进行高深度测序，然后进行基因组组装，获得基因组的框架图或者精细图甚至是完成图。从而可以快速解析其基因组结构、基因功能、进化关系。

实验流程图：

微生物基因组测序样本要求：

原始样品

1) 建议用1.5 mL/2 mL/50 mL灭菌离心管收集足够菌体，离心去上清，获得菌体500 mg以上，送3-5管菌体以备用；

2) 我们拒绝接收条件致病菌/致病菌，如果样品为上述菌株，我们仅接收DNA；

DNA样品

1) 常规文库（二代测序）：浓度≥ 10 ng/μl，总量 1~2 μg；Paibio文库（三代测序）：≥ 50 ng/μl，总量至少满足20 μg，以Qubit 2.0检测结果为准；

2) 样品纯度：OD值260/280应在1.8~2.0；

3) 样品质量：基因组完整、无降解；

4) 样品包装：用封口膜密封样品，DNA低温运输。

微生物基因组测序常见问题：

1.    想要研究某个微生物的基因组，是进行基因组de novo还是重测序？

答：还是需要根据具体的研究需要来判断的。如果已知某个微生物有完成度较好的参考基因组，且您研究的目标是比较两株菌之间的SNV、InDel等信息，以便确认突变基因与表型性状的关系，那么就做基因组重测序。如果您的目标微生物没有完成度较好的参考基因组，则建议做De novo测序。

2.    做细菌基因组完成图测序是否必须做三代测序？

答：由于细菌基因组存在高GC区、低复杂度区、重复区、和高AT区等区域，仅以二代测序（Illumina）平台来测序的话，这些区域往往是无法测到或者无法有效拼接的。但是三代测序（PacBio）技术以其优异的长读长特征（最高可达70 kb，平均达到10 kb以上），可以轻松测通上述区域。且PacBio测序文库构建无需PCR富集，因此不存在GC偏好。所以只有结合三代测序数据，才能有效拼接到细菌基因组的全长。

3.    做细菌基因组完成图与框架图的结果区别在哪里？完成图有哪些优势？

答：框架图意思是允许有GAP，这些区域可能会有一些基因无法解析到。但是完成图一般指无Gap，则可以解析到全部基因。