高通量测序

Technical Services

微生物基因组测序

微生物基因组测序

微生物基因组重测序(有参)

目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术,对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序,精准分析其与参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息。

微生物基因组从头测序(无参)

对于不断分离培养微生物的客户来说,要确定一个菌株是否是新菌株或者新菌种,较快捷的办法就是,直接进行基因组测序。利用高通量测序技术,对这些基因组进行高深度测序,然后进行基因组组装,获得基因组的框架图或者精细图甚至是完成图。从而可以快速解析其基因组结构、基因功能、进化关系。


实验流程图:

2_微生物基因组测序-1


微生物基因组测序样本要求:

原始样品

1) 建议用1.5 mL/2 mL/50 mL灭菌离心管收集足够菌体,离心去上清,获得菌体500 mg以上,送3-5管菌体以备用;

2) 我们拒绝接收条件致病菌/致病菌,如果样品为上述菌株,我们仅接收DNA;

DNA样品

1) 常规文库(二代测序):浓度≥ 10 ng/μl,总量 1~2 μg;Paibio文库(三代测序):≥ 50 ng/μl,总量至少满足20 μg,以Qubit 2.0检测结果为准;

2) 样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0;

3) 样品质量:基因组完整、无降解;

4) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输。


微生物基因组测序常见问题:

1.    想要研究某个微生物的基因组,是进行基因组de novo还是重测序?

答:还是需要根据具体的研究需要来判断的。如果已知某个微生物有完成度较好的参考基因组,且您研究的目标是比较两株菌之间的SNV、InDel等信息,以便确认突变基因与表型性状的关系,那么就做基因组重测序。如果您的目标微生物没有完成度较好的参考基因组,则建议做De novo测序。

2.    做细菌基因组完成图测序是否必须做三代测序?

答:由于细菌基因组存在高GC区、低复杂度区、重复区、和高AT区等区域,仅以二代测序(Illumina)平台来测序的话,这些区域往往是无法测到或者无法有效拼接的。但是三代测序(PacBio)技术以其优异的长读长特征(最高可达70 kb,平均达到10 kb以上),可以轻松测通上述区域。且PacBio测序文库构建无需PCR富集,因此不存在GC偏好。所以只有结合三代测序数据,才能有效拼接到细菌基因组的全长。

3.    做细菌基因组完成图与框架图的结果区别在哪里?完成图有哪些优势?

答:框架图意思是允许有GAP,这些区域可能会有一些基因无法解析到。但是完成图一般指无Gap,则可以解析到全部基因。







名称:南京赛普生物技术有限公司

           Saipubiotech Co., Ltd.

地址:南京市秦淮区御道街169号御水湾花园56幢101室DW-125

电话:19844560825

邮箱:516191381@qq.com

邮编:210005

声明:本网站的所有产品不得用于人类或动物的临床诊断或治疗,仅可用于工业或科研等非医疗目的。

南京赛普生物技术有限公司 saipubiotech.com 版权所有 苏ICP备2023006428号-1
  
516191381@qq.com
Tel: 19844560825
返回顶部