项目介绍

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，狭义上指所有mRNA的集合。转录组是研究基因表达的主要手段，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体重要的调控方式，通过转录组测序分析转录水平的调控，是目前运用较多的研究方式。

测序使用Illumina Xten平台，测序原始数据经过质控后，mapping至参考基因组序列，对mapping到基因上的reads进行计数，计算基因的表达量后，进行基因表达差异及差异基因GO、KOG（原核生物为COG）、KEGG功能富集分析，KEGG pathway等分析。对于多个样本，可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外，依据参考基因组，可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析；可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外，还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析，深入研究基因功能，进一步揭示基因间互作网络等信息，为研究网络调控机理提供方向。

RNA 提取类组织及其他样品要求：

1.1  对于需要进行 RNA 抽提的样品，请使用新鲜取样的实验材料，当场分成小块（动物样品厚度需小于0.5 cm，植物样品厚度需小于0.3 cm）后立即用液氮或干冰乙醇速冻，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰（根据经验，在秋冬季节，如果打包合适，5 公斤块状干冰可以维持 50 小时，而小块的干冰能更好的包裹样品,但需比块状干冰多加些）中用保温箱寄送。一般组织样品，送样量至少200 mg/样；如果样品属于孢子，送样量至少500 mg/样。

1.2  对于微生物样品，请客户如实声明所属物种；对于可能致病的微生物，公司将拒收。以固体培养基培养的样品，需将样品从培养基上刮取下来，用干冰寄送；以液体培养基培养的样品，需离心后弃培养液收集样品，用RNA组织保存液（例如RNA-Be-Locker A）保存，以干冰或冰袋寄送；没有RNA组织保存液的情况下，也可用液氮或干冰乙醇速冻，保存于-80°C 冰箱，埋于足量干冰寄送。真菌样品送样量需至少达到100 mg/样；细菌样品送样量需至少达到107（10的7次方）数量级，同时，在与样本一同寄送的送样表上，标明属于革兰氏阳性菌（G+）还是革兰氏阴性菌（G-）。

1.3  对于细胞样品，送样量需达到 5 × 106（5乘10的6次方）数量级。富集后置于 2 ml Ep管中，用 1 ml TRIzol 重悬，注意取样后立即用液氮或干冰乙醇速冻，保存于-80°C 冰箱，埋于足量的干冰中用保温箱寄送。强烈建议细胞样品先做细胞鉴定及支原体/衣原体污染之后，再送出来。

1.4  对于血液样本，仅接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠，可用EDTA或ACD抗凝剂，取血后以冰袋保存，切记不能使血液冻结，从取血之时开始计算，须在48小时之内送达。如果不能提供新鲜样本，则请提供从血液中提取的总RNA样本。备样要求详见B、RNA 样品。

1.5  对于用RNA组织保存液寄送的样品，请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。请注意：

1)  样品浸入组织保存液之前，对于动物组织样品，须以最快速度将样品剪切成厚度小于0.5 cm 的碎块；对于植物样品，须以最快速度将样品剪切成厚度小于0.3 cm 的碎块。

2)  鼠肝、肾和脾等小器官样品和没有蜡质保护层的植物样品可不剪切直接放入保存液中保存，有蜡质保护层的植物样品需要先将蜡表皮破坏。

3)  确保将样品完全浸泡在保存液中，不让其粘贴在管壁和盖上。

1.6  对于需要进行RNA抽提的部分特殊样品，可以将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送，具体情况请先沟通技术支持人员。

1.7  请注意选择无RNA酶的容器盛放样本，尽量避免RNA降解。

1.8  请寄送样本（尤其是细胞样本）之前鉴定样本所属物种。

RNA样品：

2.1  请务必提供每个样品具体的浓度、体积、制备时间以及物种来源。最好附上电泳胶图或者 Agilent Bioanalyzer 仪器检测数据等；

2.2  对于普通转录组样品，请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品，样品请去蛋白并进行 DNase处理；一般情况下，普通转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280为 2.0~2.2，Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8；

2.3  对于全长转录组测序样品（ISO-seq）,请提供浓度大于200 ng/ul，总量大于5 μg的总RNA样品。样品请去蛋白并进行 DNase 处理；全长转录组测序需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2，2.3Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8.5；

2.4  对于全转录组测序及小RNA测序样品，请提供浓度≥100 ng/µl、总量≥2 µg 的总 RNA 样品，样品请去蛋白并进行 DNase 处理；一般情况下，需要 RNA 样品的 OD260/OD280 为 2.0~2.2，Agilent Bioanalyzer 2100 器检测获得的总RNA 28S:18S≥1，RIN≥8；特别申明：不能采用过柱离心的方法提取总RNA。

2.5  寄送 RNA 样品请置于 1.5 ml 离心管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用 Parafilm 封口。